扁平苔蘚具有明顯的組織學特徵。持久的口腔或外陰扁平苔蘚呈肥厚的融合損害有時在臨床上很難與粘膜白斑相鑒別，口腔廣泛的糜爛性損害也需要與念珠菌病，癌腫。
扁平苔蘚的發病機制
1、自身免疫，扁平苔蘚伴發某些自身免疫病，朗格漢斯細胞和角朊細胞等輔助細胞參與了這些反應，使T細胞活化、增殖，且向表皮移動，其產生的某些細胞因數、淋巴毒素及細胞毒T細胞導致了基底細胞的破壞和損傷，從而引起扁平苔蘚的一系列病理變化。有實驗顯示扁平苔蘚中存在CD3、CD8細胞升高，CD4/CD8降低，泛發性者CD4/CD8明顯降低。有學者應用間接免疫螢光科技在口腔扁平苔蘚患者皮損的表皮中檢測出扁平苔蘚的特异性抗原（LPSA），血液中檢測到LPSA的特异性抗體。亦有研究表明扁平苔蘚患者有扁平苔蘚特异性抗核抗體，且發現其檢出率依所用底物不同而有所差异，最佳底物是大鼠食管上皮，以黏膜糜爛型檢出率高。
在體液免疫方面，發現在扁平苔蘚活動期或皮損剛消退時IgM值低下，而在陳舊性損害病例則正常。
2、近些年來，陸續有報導發現扁平苔蘚患者中丙型肝炎病毒（HCV）DNA的流行率增高，提示HCV在扁平苔蘚的發病機制中起重要作用。皮損中是否存在HCV及其複製仍需進一步研究。
3、有些病例在精神神經症狀改善或消失後皮損會好轉或消退，但有作者通過對照研究，發現在患者和健康人之間神經精神情况無明顯差异。
4、許多研究表明，在扁平苔蘚的形成中由角朊細胞、活性T細胞等分泌的細胞因數可能起著重要的作用，如胸腺細胞活性因數（ETAF）、T細胞生長因數（KTGF）、淋巴細胞趨化因數（LCF）及IL-1、IL-3等活化或吸引T細胞，活化的T細胞分泌的IL-2、腫瘤壞死因數（TNF）β和粒細胞-單核細胞集落刺激因數（GMCSF），尤其是IFN-1進一步促進淋巴細胞遊出並形成浸潤，最後破壞基底細胞，出現基底細胞液化變性。這個過程有多種因數的參與並形成一個連鎖反應，最終引起扁平苔蘚的病理變化。
5、有報告扁平苔蘚病人有陽性家族史者為10。7%。其報告雖不完全一致，但與正常對照都有差异，提示本病可能與遺傳有關。
6、應用藥物到發疹期間的潜伏期較長，平均1年。其發生機制有兩種學說：藥物抗原結合於表皮，並暴露基底細胞層角朊細胞上的表面抗原或誘導其表達，從而啟動免疫反應，藥物亦可能直接影響免疫活性細胞，並導致T淋巴細胞尅隆的活化。