感染人類的痘病毒有許多（見錶）。引起本病的病毒系痘病毒科的一種DNA病毒，是人體最大的病原性病毒之一，大小約為300×200×100μm。
電鏡研究，病毒的形成與胞質有密切關係，胞質基質濃縮，並出現嗜酸性顆粒，集聚成大顆粒，稱顆粒組合型病毒（初期型病毒）；繼而形成細顆粒型病毒（中期型）；最後形成一層砌樣外殼和啞鈴狀DNA內核，整個胞質基質變成病毒包涵體，又稱軟疣小體。形態學上與痘瘡、牛痘、羊痘及其他動物病毒相似。現時培養及動物試驗均尚未成功。曾報導傳染性軟疣能在原代人羊膜細胞、人包皮成纖維細胞、猴腎細胞及FL細胞中產生細胞病變效應（CPE）。不過，但因其不能通過脫膜階段而使該病毒難以在任何細胞中生長，故不能將細胞培養分離病毒作為常規。傳染性軟疣病毒因不能在組織培養細胞中繁殖而妨礙了對其DNA的分析，有限的報導表明本病毒G+C含量高於痘苗病毒，它至少有兩個亞型。自生殖器分離的病毒定名為Ⅱ型，自身體其他部位分離的定名為Ⅰ型。但兩個型病毒的病灶不一定局限於某個部位。臨床標本中的傳染性軟疣病毒顆粒形態與正痘病毒相似，但其“M”顆粒表面有似雅塔痘病毒之突起管狀結構，有別於天花、猴痘及痘苗病毒。此外軟疣病毒無囊膜，有別於塔那痘病毒。傳染性軟疣病毒產生特徵性皮損在臨床上容易診斷，但出現在生殖器部位的皮炎及潰瘍處，則常與生殖器皰疹病毒混淆，此時只有通過電鏡才能作出診斷。