感染人類的痘病毒有許多引起本病的病毒系痘病毒科的一種DNA病毒，是人體最大的病原性病毒之一，大小約為300×200×100μm電鏡研究，病毒的形成與胞質有密切關係，胞質基質濃縮並出現嗜酸性顆粒，集聚成大顆粒，稱顆粒組合型病毒（初期型病毒）；繼而形成細顆粒型病毒（中期型）；最後形成一層砌樣外殼和啞鈴狀DNA內核整個胞質基質變成病毒包涵體，又稱軟疣小體。形態學上與痘瘡牛痘、羊痘及其他動物病毒相似。現時培養及動物試驗均尚未成功曾報導傳染性軟疣能在原代人羊膜細胞、人包皮成纖維細胞、猴腎細胞及FL細胞中產生細胞病變效應（CPE）。