强直性脊柱炎的中晚期症狀，以脊柱病變為主，强直性脊柱炎的發展分上行型和下行型兩種。多數為上行型。90%以上的病人由骶髂關節開始，沿腰椎、胸椎、頸椎依次向上發展；少數為下行性，大約有6%的病人由頸椎、胸椎下行至腰椎和骶髂。骶髂關節炎的臨床症狀特點：可表現為腰部或腰骶部的疼痛，伴有僵硬感，呈間歇性和反復發作，症狀持續時間或間歇時間不等。檢查可出現骶髂關節的壓痛和叩擊痛，骨盆分離試驗和擠壓試驗陽性。
腰椎病變特點：腰背疼，腰部前屈、後挺、側彎和轉動均可受限，雙手觸地距離明顯增大，晚期病變腰椎正常的生理彎度消失呈平板狀，由於椎旁肌痙攣而呈腰椎正中凹陷兩側條狀隆起，觸之僵硬，也可出現腰肌萎縮。胸椎病變特點：背痛、前胸和協肋疼痛，胸廓擴張受限，病人可出現腹式呼吸和呼吸差小於2.5釐米，肺功能可表現為限制性通氣障礙。强直性脊柱炎晚期可出現胸椎前屈而呈駝背畸形。
頸椎病變特點：頸椎疼痛，並可向頭後及上肢放射，頸部强直和活動受限，低頭仰頭、轉動的功能受限，回頭時須連同身體一起轉動，此乃頸部的强直所致。
檢查可發現患者的頜柄距離距離增大，嚴重的也可呈頭部和背部的重度前屈畸形，患者不能平視前方，僅可看到自己腳面。强直性脊柱炎晚期，脊柱各個關節均已强直固定，在X線片上脊柱呈竹節樣變，這時疼痛已不明顯，而活動困難和關節的僵硬則為病人的主要痛苦。