（1）增强精子活力，延長其生存時間的藥物：
精氨酸：是精子代謝過程中所需要的物質，每天口服4克。
三磷酸腺苷：能提供精子細胞代謝過程的能量，新增精子的活力，每日一次，肌注20毫克。
激肽釋放酶：激肽在人體的代謝過程中能參與精子的生成，並增强精子的活力。每日一次，口服600IU，或每次40IU肌注，每週3次。
（2）調整和刺激人體生精過程的藥物：
克羅米芬：屬抗雌激素類藥物，適應於血清FSH、LH含量較低或正常的少精子症患者。對血清FSH、LH較高及無精子症患者不適用。
它莫西芬（Taxmoxifen）：亦屬抗雌激素類藥物，適用於原因不明的不育症、生殖道炎症或精索靜脈曲張引起的長期不育患者。
促性腺激素釋放激素（LHRH）：適用於特發性少精子症患者。
（3）治療生殖道感染的藥物：
多為抗生素類藥物，可依據生殖道感染的病原體類型和部位選擇有效的藥物。
有一些男性不育症患者的器質性病變，無法通過藥物解决，只能採取手術治療的方法。主要有以下幾類：
（1）生殖器畸型或發育异常：常見的有隱睾、尿道狹窄、尿道瘺、尿道下裂、尿道上裂、嚴重的陰莖硬結症等。
（2）梗阻性無精子症：包括輸精管、精囊先天缺如引起的梗阻性無精子症；輸精管節段性不發育；輸精管醫源性損傷或結紮；射精管口先天性狹窄等。
（3）精索靜脈曲張：在男性不育症中，精索靜脈曲張的發生率高達20%～35%，採用精索內靜脈高位結紮治療，可使部分病人恢復生育能力。
（4）器質性性功能障礙：包括因陰莖嚴重創傷、骨盆骨折、血管性因素（如靜脈瘺）或神經性疾病引起的陽痿，以及一些因器質性病變引起的逆行射精患者。
正確治療男性不育症的前提是診斷明確和正確。男性不育症在治療前，應搞清病因，以求對症下藥。
要治好男性不育症，需遵守以下幾個原則：
（1）改掉不良的生活習慣，增強體質患者應戒烟、戒酒、忌辛辣之品，生活起居養成良好的規律，加强營養，進行適度的體育鍛煉。
（2）夫婦配合：過好適度、有效、和諧的性生活。治療不育症切忌急躁，夫婦雙方應密切配合，堅持測定妻子的排卵期，在排卵期前後適當新增同房次數，新增受孕機會。
（3）遵從醫生的指導合理治療：不育症屬難治疾病，切忌道聼塗説，誤服補藥。應在專科醫生的指導下合理治療。適宜手術的患者應進行手術治療，適宜藥物治療的患者應堅持服藥。必要時進行人工授精等先進方法。如實在是治療無望，可按照法律程式辦理領養手續。
治療男性不育症以3個月為一療程，是根據精子從產生到排出體外約需90天為依據而確定的。
人的精子發生過程可分為六個期，每個期都有特定的時間和細胞組合，六個期構成一個週期，人的精子發生約需經歷四個半週期，由於每一週期歷時16天，故人的精子發生過程約為70天。精子發生後還需要在附睾的微環境中完全成熟，不同動物精子在附睾中的運行時間也不同，雞為2～4天，羊為9～14天，小鼠為8天，人為19～23天。
囙此，從精子產生到成熟後被排出體外，約為90天，正好3個月左右。因而，接受藥物治療的患者切莫著急或認為藥物無效，堅持服藥3個月後才會出現療效。