對男性不育症有各種不同的分類方法，但是，關鍵的是精子的質量、數量、活力、活率等主要指標出現了足以導致男性不育症的因素。有學者根據精液化驗結果將男性不育症，分為少精子症、弱精子症、畸形精子症、無精子症等；還有人將其分為性功能障礙性不育症、精液异常性不育症、無精子症等。但是，這些說法都是不規範的，常常難以統一。為此，世界衛生組織提出了以病因診斷為依據的分類方法，這一分類方法是現時世界上最為權威的男性不育症診斷分類方法。
按照這種分類，男性不育症有十六類，分別是：性交和/或射精功能障礙；免疫學病因；原因不明；單純性精漿异常；醫源性病因；全身性病因；先天性异常；後天獲得性睾丸損傷；精索靜脈曲張；男性副性腺感染；內分泌病因；特發性少精子症；特發性弱精子症；特發性畸形精子症；梗阻性無精子症；特發性無精子症。
特發性男性不育症包括了特發性少精子症、特發性弱精子症、特發性畸形精子症和特發性無精子症四類。它是指男性不育症患者除有精子异常外，其餘情况均正常，而患者出現精子异常的原因不明，故而稱為特發性男性不育症。例如，特發性少精子症即是指精液檢查僅發現精子數目减少，而睾丸體積、功能、內分泌功能、其它精液檢查等均正常。其精子數目减少的原因不明，一旦找到了精子减少的原因，則不能再叫做特發性少精子症。
在世界衛生組織的男性不育症病因診斷分類中，有一類是“原因不明”的男性不育症。有人常搞不清它與特發性男性不育症的區別。特發性男性不育症的概念已如上述，是指患者發病的根本原因雖不清楚，但其表面原因是已知的，如少精子、弱精子等。而原因不明的男性不育症是指患者的全部檢查均正常，不但致病的根本原因不明，甚至連表面原因也未找到，囙此，它是徹底的“原因不明”。