1.肛瘺很少自愈，都需要治療。上述普通肛瘺、直腸會陰瘺可用“掛線療法”治癒，其他瘺則需要手術治療或掛線與手術相配合的療法。肛瘺掛線很簡單，門診手術即可完成。
2.為預防和减少新生兒和小嬰兒發生感染性肛瘺，必須注意肛門衛生。家長習慣在換尿布時順手用尿布擦一下肛門和外陰，並且誤認為尿布很乾淨，也很柔軟，其實對新生兒和小嬰兒來講，尿布還是有些粗糙和不衛生的。
3.最好在便後用裝有溫水或硼酸水的小壺沖洗肛門和外陰，然後再用乾淨的棉花或軟布輕輕擦乾，並塗以少量軟膏（金黴素眼藥膏或鞍酸軟膏）。這樣就能减少肛門周圍皮膚及外翻的直腸粘膜的損傷，達到預防感染的目的。