一、治療原則
1、一般療法：按呼吸道隔離，保持空氣新鮮，避免一切可誘發痙咳的因素。良好護理以預防併發症。注意營養。
2、抗生素治療：應用於卡他期或痙咳期早期，可降低傳染性，減輕症狀並縮短病程。
二、對症治療
祛痰止咳劑如氯化銨等。沙丁胺醇（舒喘靈）0.5mg/kg能減輕咳嗽症狀。氯丙嗪等可减少夜間咳嗽，有利睡眠。幼嬰窒息時應即刻行人工呼吸，給氧，必要時給予止痙排痰。可用普魯卡因靜脈滴注，每日1～2次，連用3～5天，以减少窒息或驚厥，需同時注意心率和血壓。百日咳腦病時可用脫水劑。有低鈣、低血糖等時，予以對症治療。
三、併發症的治療
按併發病種，給予相應治療。
四、皮質激素
只短期應用於危重患者，如幼嬰或有腦病者。強的松龍口服。或氫化可的松靜脈給藥。注意激素的副作用。
五、外擦療法
用鮮生薑或大蒜切片，粘蝸牛液或雞蛋清，在胸骨部由上而下塗擦，1日2次，每次數分鐘。