第2孔型心房間隔缺損在早期左至右分流量一般較少。大多數病例在童年期不呈現明顯臨床症狀，往往在體格檢查時因發現心臟雜音經進一步檢查才明確病情。通常在進入青年期後左至右分流量增多時，才開始呈現臨床症狀，最常見者為易感疲乏，勞累後氣急、心悸。分流量較大和肺循環壓力升高的病人容易反復發作呼吸道感染和肺炎；伴有部分肺靜脈异比特回流左至右分流量極大的病例，可能在嬰兒期呈現心力衰竭，需早期施行手術治療。30歲以上的病人呈現心力衰竭症狀者日漸增多。惴⒎胃哐掛致心力衰竭的病例以及兼有肺動脈瓣或右心室流出道高度狹窄的病例產生逆向分流量，臨床上可呈現紫紺。
體格檢查：大多數病人生長發育及膚色正常。一部分病例體格比較瘦小。由於右心室擴大可引致左側前胸壁隆起。胸骨左下緣可捫到心臟抬舉性搏動。胸骨左緣第2或第3肋間可聽到由於大量血液通過肺動脈瓣，進入擴大的肺動脈而產生的噴射性收縮期雜音。肺動脈第2音亢進，固定分裂。一部分病例在上述部位尚可捫到收縮期震顫。在三尖瓣區可聽到由於血液快速通過三尖瓣而產生的舒張中期滾筒樣雜音。呈現肺動脈高壓後，肺動脈瓣區收縮期雜音减弱，第2音亢進更明顯。伴有肺動脈瓣關閉不全者胸骨左緣第2、3肋間可聽到舒張期雜音。右心室高度擴大引致相對性三尖瓣關閉不全者，在三尖瓣區可聽到收縮期雜音。肺血管阻力增高，左至右分流量顯著减少或呈現逆向分流的病例，則心臟雜音不明顯，且可能呈現紫紺。晚期病例可呈現頸靜脈怒張、水腫、肝腫大等慢性充血性心力衰竭的體征。