腎結核繼發於全身性結核病，囙此在治療上必須重視全身治療並結合局部病變情况全面考慮，才能收到比較滿意的效果。
（一）全身治療：
全身治療包括適當的休息和醫療體育活動以及充分的營養和必要的藥物治療（包括腎結核以外的全身其他結核病灶的治療措施）。
（二）藥物治療：
由於腎結核局部病變的範圍和破壞的程度有很大差別，囙此針對局部病變的治療在各個病例亦有所不同。在鏈黴素等抗結核藥發現之前，臨床上一旦腎結核之診斷確立，其唯一的治療方法就是腎切除。在40年代以後，鏈黴素、對氨柳酸相繼問世，很多臨床腎結核病例單用藥物治療可以得到痊癒。50年代以後，高效、低毒而價廉的异菸肼出現，採取了聯合用藥，使腎結核的療效又有很大提高，幾乎可以治癒全部早期結核病變。至1966年利福平臨床應用，因其效果顯著，副作用又少，與其他藥物共同使用，腎結核的療效更加提高。現時因腎結核而需行腎切除術的病例已大為减少。但在某些衛生環境較差、醫療條件不足的地區，仍然有腎結核的發生，甚至有一些晚期病人發現。對於確診為腎結核的病人，無論其病變程度如何，無論是否需行外科手術，抗結核藥必須按一定方案進行服用。
（三）手術治療：
雖然抗結核藥治療在現時可以使大部分腎結核病人得以控制治癒，但是仍有一部分病人藥物不能奏效，而仍需進行手術治療。手術包括全腎切除、部分腎切除、腎病灶清除等幾種管道，需視病變的範圍、破壞程度和藥物治療的效應而選定。