梨形鞭毛蟲病,人是主要的傳染源,尤其攜帶包囊者,往往一人帶包囊全家感染。包囊是傳播的主要環節,人因吞食被包囊污染的水和食物而感染。包囊在外界抵抗力較强,從冷凍蝕刻複形法的透射電鏡觀察,將包囊壁劈開,顯示囊壁內千餘層板狀膜結構所組成,表明包囊在外界具有很强的自身保護作用。包囊在潮濕的糞便裏能存活3周,在水裏能存活5周,在經氯化消毒後的水裏也可活2~3天,但在50℃或乾燥環境中很容易死亡。包囊在蒼蠅消化道可活24小時,在蟑螂消化道內經12天仍有活力。由於糞便中包囊的數量大,在外界環境中抵抗力强,感染管道簡單,故本蟲流行分佈廣泛。