蟯蟲病最突出的症狀是夜間肛門瘙癢。蟯蟲白天在腸腔中生活，患兒熟睡時，蟯蟲爬出肛門，由於爬行的機械刺激和蟲體的分泌物的化學刺激，引起肛門皮膚奇癢，反復搔抓造成肛門周圍皮膚發炎。蟯蟲對會陰部刺激，還能引起患兒手亂抓、遺尿。
蟯蟲附在腸壁上，有的還能進入腸壁肌層，影響腸道正常運動，引起患兒噁心、嘔吐、腹瀉。蟯蟲消耗大量營養，影響患兒生長發育。
回盲部也是蟯蟲生存的地方，有時蟯蟲能鑽進闌尾，引起蟯蟲性闌尾炎。有的蟯蟲還能鑽進陰道、尿道，引起陰道炎、尿道炎。有的蟯蟲可以經陰道鑽到子宮，經輸卵管再進腹腔引起子宮腹膜炎。這些少見的併發症，對患兒威脅更大。