腸外併發症以肝膿腫最為多見，膿腫穿破可延及附近組織器官。經血路可直接累及腦、肺、睾丸、攝護腺、卵巢等。阿米巴肝膿腫（Amoebicliverabscess）可發生於本病全過程中，或者病後數周至數年。多以長期不規則發熱起病，體溫可達39℃以上，以弛張熱型多見，常伴右上腹或右下胸部疼痛，肝臟進行性腫大，壓痛顯著為主要臨床表現。膿腫多數為單發，且多在肝右葉，其原因多與右葉大，占整個肝臟體積的4/5，且腸道病變多在回盲部，該處大部血液迴圈經腸系膜上靜脈流入肝右葉有關。肝膿腫若位於左葉，可在較短時間出現明顯的局部症狀與體征，但診斷較難。膿腫錶淺可有局部壓痛或具波動感，此時行肝穿刺見猪肝色、腥臭氣味的膿汁，內含溶解壞死的肝細胞、紅細胞、脂肪、夏科雷登結晶等，滋養體不多見，可在膿腔壁中找到，但未發現過包囊。若合併細菌感染，則膿腔內為黃綠色或黃白色膿液。