病原為莫氏立克次體（Rickettsiamooseri），其形態、染色和對熱、消毒劑的抵抗力與普氏立克次體相似，但很少呈長鏈排列。兩者各含3/4種特异性顆粒性抗原，和1/4組特异性可溶性抗原；後者耐熱，為兩者所共有，故可產生交叉反應。不耐熱的顆粒性抗原則各具特异性，可藉補結試驗而相互區別。莫氏立克次體所致的豚鼠陰囊反應遠較普氏立克次體所致者為明顯，對小鼠和大鼠的致病性也較强。病原體接種於小鼠腹腔後可引起腹膜炎、立克次體血症，並在各臟器內查見病原體。
鼠型斑疹傷寒的傳染
1、傳染源：家鼠為本病的主要傳染源，莫氏立克次體通過鼠蚤在鼠間傳播。類感染後不立即死亡，而鼠蚤只死後才叮咬而使人受感染。此外，病人及牛、羊、猪、馬、騾等也可能作為傳染源。
2、傳播途徑：主要通過鼠蚤的叮咬傳播。鼠蚤叮咬人時不是直接將莫氏立克次體注入人體內，但可同時排出含病原體的糞便和嘔吐物污染傷口立克次體經抓破處進入人體；蚤被壓雖後，其體內病原體可經同一途徑侵入。進食被病鼠排泄物污染的食物也可患病。蚤幹糞內的病原體偶可形成氣溶膠，經呼吸道和眼結膜使人受染。如有虱寄生人體，亦可作為傳播媒介。
3、易感性：人群普遍易感，感染後可或强而持久的免疫力，與流行性斑疹傷寒有交叉免疫。