瘧疾治療不僅是解除患者的疾苦，同時也是為了控制傳染源、防止傳播。現症病人要及時發現，及時根治。間日瘧採用氯喹和伯喹（氯伯）治療。惡性瘧可單服氯喹。對間日瘧患者，抗復發治療可用伯喹。在惡性瘧對氯喹產生抗性地區（如海南省、雲南省）宜採用幾種抗瘧藥合併治療方案，如青篙素、咯萘啶與磺胺多辛和乙胺嘧啶合用。
抗瘧藥種類很多，按其對瘧原蟲生活史各期作用的不同，主要有以下幾類：
1）殺滅紅細胞外期裂殖體及休眠子，如伯喹，抗復發作用，也稱根治藥。乙胺嘧啶對惡性瘧原蟲紅外期有一定作用。
2）殺滅紅細胞內裂體增殖期，如氯喹，奎寧、咯萘啶、喹派，青蒿青及蒿甲醚等，用以控制臨床發作。
3）殺滅配子體，如伯喹，用於切斷傳播。
4）殺來孢子增殖期，如乙胺嘧啶，可抑制蚊體內的孢子增殖發育。