潜伏期
從人體感染瘧原蟲到發病（口腔溫度超過37.8℃），稱潜伏期。潜伏期包括整個紅外期和紅內期的第一個繁殖週期。一般間日瘧、卵形瘧14天，惡性瘧12天，三日瘧30天。感染原蟲量、株的不一，人體免疫力的差异，感染管道的不同均可造成不同的潜伏期。溫帶地區有所謂長潜伏期蟲株，可長達8～14個月。輸血感染潜伏期7～10天。胎傳瘧疾，潜伏期就更短。有一定免疫力的人或服過預防藥的人，潜伏期可延長。
間日瘧（tertian malaria）多急起，復發者尤然。初次感染者常有前驅症狀，如乏力、倦怠、打呵欠；頭痛，四肢酸痛；食欲不振，腹部不適或腹瀉；不規則低熱。一般持續2～3天，長者一周。隨後轉為典型發作。分為三期。
發冷期
驟感畏寒，先為四肢末端發凉，迅覺背部、全身發冷。皮膚起雞皮疙瘩，口唇，指甲發紺，顏面蒼白，全身肌肉關節酸痛。進而全身發抖，牙齒打顫，有的人蓋幾床被子不能制止，持續約10分鐘，乃至一小時許，寒戰自然停止，體溫上升。此期患者常有重病感。
發熱期
冷感消失以後，面色轉紅，紫紺消失，體溫迅速上升，通常發冷越顯著，則體溫就愈高，可達40℃以上。高熱患者痛苦難忍。有的輾轉不安，呻呤不止；有的譫妄，撮空，甚至抽搐或不省人事；有的劇烈頭痛.頑固嘔吐。患者面赤。氣促；結膜充血；皮灼熱而乾燥；脈洪而速；尿短而色深。多訴說心悸，口渴，欲冷飲。持續2-6小時，個別達10餘小時。發作數次後唇鼻常見皰疹。
出汗期
高熱後期，顏面手心微汗，隨後遍及全身，大汗淋漓，衣服濕透，約2～3小時體溫降低，常至35.5℃。患者感覺舒適，但十分困倦，常安然入睡。一覺醒來，精神輕快，食欲恢復，又可照常工作。此刻進入間歇期。
整個發作過程約6～12小時，典型者間歇48小時又重複上述過程。一般發作5～10次，因體內產生免疫力而自然終止。
多數病例早期發熱不規律，可能系血內有幾批先後發育成熟的瘧原蟲所致。部分病人在幾次發作後，由於某些批瘧原蟲被自然淘汰而變得同步。
數次發作以後患者常有體弱，貧血，肝脾腫大。發作次數愈多，脾大，貧血愈著。由於免疫力的差异或治療的不徹底，有的病人可成慢性。
三日瘧（quartan malaria）發作與間日瘧相似，但為三日發作一次，發作多在早晨，持續4～6小時。脾大貧血較輕，但復發率高，且常有蛋白尿，尤其兒童感染，可形成瘧疾腎病。三日瘧易混合感染，此刻病情重很難自愈。