潜伏10～15天。大多數患者症狀較輕或呈無症狀的隱性感染，僅少數出現中樞神經系統症狀，表現為高熱、意識障礙、驚厥等。典型病例的病程可分4個階段。
（一）初期：起病急，體溫急劇上升至39～40℃，伴頭痛、噁心和嘔吐，部分病人有嗜睡或精神倦怠，並有頸項輕度强直，病程1～3天。
（二）極期：體溫持續上升，可達40℃以上。初期症狀逐漸加重，意識明顯障礙，由嗜睡、昏睡乃至昏迷，昏迷越深，持續時間越長，病情越嚴重。神志不清最早可發生在病程第1～2日，但多見於3～8日。重症患者可出現全身抽搐、強直性痙攣或强直性癱瘓，少數也可軟癱。嚴重患者可因腦實質類（尤其是腦幹病變）、缺氧、腦水腫、腦疝、顱內高壓、低血鈉性腦病等病變而出現中樞性呼吸衰竭，表現為呼吸節律不規則、雙吸氣、歎息樣呼吸、呼吸暫停、潮式呼吸和下頜呼吸等，最後呼吸停止。體檢可發現腦膜刺激征，瞳孔對光反應遲鈍、消失或瞳孔散大，腹壁及提睾反射消失，深反向亢進，病理性錐體束征如巴氏征等可呈陽性。
（三）恢復期：極期過後體溫逐漸下降，精神、神經系統症狀逐日好轉。重症病人仍可留在神志遲鈍、癡呆、失語、吞咽困難、顏面癱瘓、四肢強直性痙攣或扭轉痙攣等，少數病人也可有軟癱。經過積極治療大多數症狀可在半年內恢復。
（四）後遺症：雖經積極治療，但發病半年後仍留有精神、神經系統症狀者，稱為後遺症。約5%～20%患者留有後遺症，均見於高熱、昏迷、抽搐等重症患者。後遺症以失語、癱瘓和精神失常為最常見。失語大多可以恢復，肢體癱瘓也能恢復，但可因併發肺炎或褥瘡感染而死亡。精神失常多見於成人患者，也可逐漸恢復。
根據病情輕重，乙腦可分為四型。
1.輕型：患者的神志始終清醒，但有不同程度的嗜睡，一般無抽搐（個別兒童患者因高熱而驚厥）。體溫在38～39℃之間，多數在1周內恢復，往往依靠腦脊液和血清學檢查確診。
2.普通型：有意識障礙如昏睡或淺昏迷，腹壁射和提睾反射消失，可有短期的抽搐。體溫一般在40℃左右，病程約10天，無後遺症。
3.重型：體溫持續在40℃以上，神志昏迷，並有反復或持續性抽搐。淺反射消失，深反射先消失後亢進，並有病理性反射。常有定位症狀和體征。可出現中樞性呼吸衰竭。病程常在2周以上，恢復期往往有不同程度的精神异常和癱瘓等表現，部分病人留有後遺症。
根據本型病變部位的不同和影響腦幹情况，結合症狀和體征以及有無呼吸衰竭，腦部病變定位可分為：
⑴腦幹上位：病變累及大腦與間腦而未影響腦幹，臨床上表現為淺昏迷，壓眶時出現假自主運動，或呈去皮層强直（上肢屈曲，下肢伸直）。眼球運動存在，早期瞳孔偏小或正常，頸皮膚刺激試驗時瞳孔散大，呼吸始終平穩。
⑵上腦幹比特：病變在中腦水准，表現為深昏迷，肌張力增高。壓眶時呈去腦强直（上、下肢伸直，上肢旋前現象），眼球運動差或固定，瞳孔中等放大，對光反應遲鈍或消失。呼吸呈中樞性過度換氣（鼻音明顯，有痰鳴、血pH上升，出現呼吸性堿中毒）。頸皮膚刺激試驗瞳孔尚能擴大，但反應遲鈍。
⑶下腦幹比特：病變相當於橋腦與延腦水准，表現為深度昏迷，壓眶無反應，肢體弛緩。角膜反應消失，瞳孔初縮小，後散大，對光反應消失，頸皮膚刺激試驗瞳孔不能擴大。呼吸可暫時平穩，鼾音消失，但可迅速出現中樞性呼吸衰竭。
⑷腦幹比特：本病是重型中一種特殊類型，高熱初期意識尚清楚，但多有嗜睡、嗆咳、吞咽困難等症狀。呼吸淺速，飲水從鼻腔反流。咽喉部有分泌物，且在短期內迅速增多，以致出現喉頭梗塞症狀，可迅速轉入昏迷並出現中樞性呼吸衰竭。
⑸顳葉鉤回疝：系由腦水腫所致。患者病情突變，由煩躁不安、嘔吐、頭痛等迅速轉入昏迷，或由淺昏迷急轉為深昏迷。除出現上述腦幹壓迫症狀外，瞳孔大小不等，病側瞳孔散大，對光反應消失，上眼瞼下垂，雙側肢體癱瘓，錐體束征陽性。
⑹枕骨大孔疝：由於腦水腫和顳葉鉤回疝，致腦幹挫比特，進而發生枕骨大孔疝。早期出現顱內壓增高症狀，無瞳孔、呼吸等變化，可突然出現深昏迷。也可先出現面癱、耳聾、吞咽困難、繼之出現吞咽反射消失，雙側瞳孔散大，最後出現中樞性呼吸衰竭、呼吸暫停或驟停，脈搏减慢，血壓下降、心臟停搏。
4.暴髮型：體溫迅速上升，呈高熱或過高熱，伴有反復或持續强烈抽搐，於1～2日內出現深昏迷，有瞳孔變化、腦疝和中樞性呼吸衰竭等表現，如不及時搶救，常因呼吸衰竭而死亡。倖存者都有嚴重後遺症。
乙腦臨床表現以輕型和普通型為多，約占總病例數的2/3。流行初期重型較多，後期則以輕型居多。