經絡不僅在人體生理功能上有重要作用，而且是臨床上說明病理變化，指導辨證歸經和針灸治療的重要理論依據，故《靈樞・經脈》說：“經脈者，所以能决死生，處百病，調虛實，不可不通。”
說明病理變化
在正虛邪盛的情况下，經絡又是病邪傳注的途徑。當體表受到病邪侵襲時，可通過經絡由表及裡，由淺入深。如外邪侵襲肌錶，初見發熱、惡寒、頭痛身疼等症，由於肺合皮毛，外邪循經內舍於肺，繼而可見咳嗽、喘促、胸悶、胸痛等肺的病症。
《素問・繆刺論》說：“夫邪之客於形也，必先舍於皮毛，留而不去，入舍於孫脈，留而不去，入舍於絡脈，留而不去，入舍於經脈，內連五臟，散於腸胃。”指出了經絡是外邪從皮毛腠理內傳於臟腑的傳變途徑。此外，經絡也是臟腑之間，臟腑與體表組織器官之間病變相互影響的通路。例如，心移熱於小腸，肝病影響到胃，胃病影響到脾等，這是臟腑病變通過經絡傳注而相互影響的結果。內臟病變又可通過經絡反應到體表組織器官，如肝病脅痛，腎病腰痛，心火上炎可致舌部生瘡，大腸、胃腑有熱可致牙齦腫痛等等。都說明經絡是病邪傳注的途徑。
指導辨證歸經
由於經絡有一定的循行部位和臟腑絡屬，它可以反映所屬臟腑的病證，因而在臨床上，就可以根據疾病所出現的症狀，結合經絡循行的部位及所聯系的臟腑，作為辨證歸經的依據。例如，頭痛一症，即可根據經脈在頭部的循行分佈而辨別，其痛在前額者多與陽明經有關，痛在兩側者多與少陽經有關，痛在頸項者多與太陽經有關，痛在巔頂者與厥陰經有關。又如脅肋與少腹是肝經所過，故兩脅疼痛或少腹痛，多與肝經有關。此外，某些疾病的過程中常發現在經絡循行通道上，或在經氣聚集的某些穴位上，有明顯的壓痛、結節、條索狀等反應物，和皮膚形態變化，皮膚溫度，電阻改變等，也有助於對疾病的診斷。如腸癰患者，有時在足陽明胃經的上巨虛出現壓痛；長期消化不良的病人，有時可在脾俞穴見到异常變化。臨床上採用循經診察，捫穴診察，經絡電測定等方法檢查有關經絡、腧穴的變化，可作診斷參攷。
指導針灸治療
針灸治病是通過刺灸腧穴，以疏通經氣，恢復調節人體臟腑氣血的功能，從而達到治病的目的。針灸選穴，一般是在明確辨證的基礎上，除選用的局部腧穴外，通常以循經取穴為主，即某一經絡或臟腑有病，便選用該經或該臟腑的所屬經絡或相應經脈的遠部腧穴來治療。《四總穴歌》所說：“肚腹三裏留，腰背委中求，頭項尋列缺，面口合穀收”，就是循經取穴的很好說明，臨床應用非常廣泛。
例如，胃痛循經遠取足三裡、梁丘；脅痛循經遠取陽陵泉、太沖等。又如頭痛，因前頭痛與陽明經有關，可循經遠取上肢的合穀穴，下肢的內庭穴治療等等。此外，根據皮部與經絡臟腑的密切聯繫，臨床上用皮膚針叩刺皮膚，皮內針埋藏皮內來治療臟腑經脈的病症；根據宛陳則除之的理論，又可通過刺絡出血的方法來治療一些常見病。如目赤腫痛刺太陽出血，咽喉腫痛刺少商出血，急性腰扭傷刺委中出血等等；經筋的病候，多表現為拘攣，强直和抽搐等症，治療多以局部取穴，所謂“以痛為輸”。這些都是經絡學說在針灸治療方面的體現。