我國古醫籍《黃帝內經》、《傷寒雜病論》、《千金要方》、《類經》、《脈經》等醫著中，多處用“醫聖”一詞，根據所查資料，最遲在南宋、金代已有尊仲景為“大聖”、“亞聖”、“聖人”的明論。至清初則被贊為“醫聖”而名揚於世。
金代醫家成無已在《傷寒明理藥方論自序》中評：“惟張仲景方一部，最為眾方之祖。是以仲景本伊尹之法，伊尹本神農之經，醫帙之中，特為樞要。參今法古，不越毫末，實乃大聖之所作也。”贊仲景為“大聖”。劉完素在《素問玄機原病式・序》中曰：“夫三墳之書者，大聖人之教也。法象天地，理合自然，本乎大道。仲景者，亞聖也。”南宋醫學家陳自明評論同代人李自建的《傷寒十勸》一書時說：“今有李子建作《傷寒十勸》。雖未能盡聖人之萬一，其中多有可取，亦不出活人之書。”李子建《傷寒十勸》是對《傷寒論》學習的認識體會，“聖人”指張仲景。可見此時尊仲景為“聖人”之說已定，僅有“大聖”與“亞聖”的區別。
明清時，則眾辭共贊仲景為“醫聖”。清順治十三年（西元1656年），南陽府丞張三异重修醫聖祠時立碑識曰：“先生諱機字仲景……諡醫聖，南陽人。”至此，“醫聖”大彰於世。後人多用“醫聖”代仲景表示敬意，清代醫學家魏荔彤在《傷寒本義》中說：“傷寒例，叔和修緝醫聖之書，發其凡例也。”
尊仲景為醫聖的原因，是由於他品德高尚，才學過人，可為後學者楷模，因而可和前代聖人相比而贊為後聖。如金人嚴器之說：“夫前聖有作，後必有繼而述之者，則其教乃得著於世矣。醫之道源自炎黃，以至神之妙，始興經方；繼而伊尹以元聖之才，撰成《湯液》，……後漢張仲景，又廣《湯液》，為《傷寒雜病論》使數卷，然後醫方大備。茲先聖後聖，若合符節。”此段文字從炎黃推論到伊尹、到仲景，說明經方的興、盛、備、而發出“前聖後聖，若合符節”的議論。
將仲景與孔子並提，仲景方書於儒學六經對言。此說盛於明、清之時。王肯堂《傷寒准繩序》曰“黃岐猶羲文也，仲景其孔子乎。”張志聰在《傷寒論宗印序》中說：“醫學始乎軒岐，立方立法，原於仲景本論，故曰，仲景猶孔子，豈臆說哉！”清代醫學家陳修園說得更為明確：“醫門之仲景，儒門之孔子也。”孔子為儒門之聖人，醫林中人將仲景與之相，而稱讚為醫門之聖。