陰陽五行學說是我國古代哲學思想的重要組成部分，具有樸素的唯物論和自發的辯證法思想。它起源於殷周之際，原是“陰陽”、“五行“兩個學說，到戰國時期由陰陽家把二者統一到一起，成為一種影響廣大的哲學思想，為各門科學所運用。醫家把它引進《內經》，作為自己的方法論和哲學基礎。在祖國醫學理論體系中，用以說明人體的組織結構，功能活動和疾病的發生、發展規律，指導臨床診斷和治療。
陰陽的概念起源很早，在原始社會後期就有了。最初，是指日光向背而言，即向著日光，太陽照射的地方叫做陽，而太陽照不到的地方叫做陰。《說文》：“陰，暗也。”“陽，明也。”可證。又《詩・公劉》：“既樂乃崗，相其陰陽。”在山岡上觀察日影，以定山陰山陽。諸多先秦文獻中對陰陽都有些記載，但論述最精深的要算《周易》。《莊子》言：“《易》以道陰陽。”《周易》的內容就是講陰陽的道理。可見陰陽學說，淵源《周易》。雖然《周易》中沒有“陰”陽”兩字，但已有陰陽對立雙方的概念。《周易》中的“一”、“一一”兩個符號，後來稱為“陽爻”和“陰爻”。陰陽一詞的出現，則最早見於《國語・周語上》，書中記載西元前8世紀西周末年伯陽父曾用陰陽解釋地震，他說：“陰伏而不能出，陽迫而不能蒸，於是有地震。”又如《左傳》昭西元年（公元前540年）記載，秦國的著名醫生醫和在闡述病因時指出：“天有六氣……曰；陰、陽、風、雨、晦、明也。”再如《管子》一書也用陰陽說明某些自然現象：“春秋冬夏，陰陽之推移也。”“時之短長，陰陽之利用也。日夜之易，陰陽之化也。”戰國時期的荀况也講過陰陽。到撰寫《內經》時，文中已大抵吸收。
《周易》、《易傳》以及諸子的辯證法思想及當時自然科學如天文、曆法、數學、地學、農學等成就，使之與醫學結合起來，從而奠定了中醫理論體系的基礎。尤其是在論述陰陽的基本概念和陰陽相反相成的基本規律方面，廣泛聯系自然界和人體生理、病理變化的許多徵象加以具體論證。這就是“陰陽”的最早出現和陰陽與祖國醫學的最早結合。
“五行學說”起源也是很早的，據甲骨文卜辭所載的情况可知，濫觴於殷周時代的五方觀念就是五行學說的最早萌芽。繼此之後，西周末年，史伯說；“以土與金、木、水、火雜以成百物（《國語・鄭語》）。”春秋時宋國子罕說：“天生五材，民並用之，廢一不可（《左傳》襄公二十七年）。”五材就是指金、木、水、火、土五種物質原料。從這些記載中可以看出：五方說、五材說已經有了最早整體觀念的萌芽，表現出一種樸索唯物主義的觀點，而其後的《尚書・洪範》則最早明確提出五行這一概念，書中寫道，所謂五行；“一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土愛稼穡。潤下作鹹，火上作苦，曲直作酸，從革作辛，稼穡作甘。”到《內經》的出現已經把“五行”知識比較熟練地運用到醫學方面。藉以五行學說來說明人體內部以及與外界之間的相互關係，來指導臨床實踐。如整體觀念、五行的相生相剋相乘相侮等等，這些對於疾病的認識、預防、診斷和治療起到到了一定的作用。