外形不同
石金錢龜個體中等，呈扁橢圓形，成年龜甲長150mm左右，頭較小，頭背光滑無鱗，黃色或黃橄欖色，頭腹面及喉部為黃色故名。鼓膜圓形，黃色，頭側眼後至鼓膜處有一黃色縱紋。
金錢龜頭較細長，頭頂部光滑無鱗，吻鈍，上喙略勾曲，喉部、頸部呈淺橘紅色，頭兩側眼後具棱形褐斑塊。頭背部蠟黃色，背甲紅棕色，有3條黑色縱紋，似“川”字且中央的條紋較長（幼體無），背甲前後緣光滑不呈鋸齒狀。
生活習性不同
石金錢龜棲息於丘陵地帶，半山區的山澗盆地、河流水域、稻田及湖泊中，也常到附近的灌木及草叢中活動。石金錢龜屬雜食性動物，取食範圍廣，喜食魚、蝦、貝類、蝸牛、水草等食物；人工飼養一般可投喂魚、蝦、肉或家禽的內臟，也可以用動植物混合飼料，如採用全價成鱉顆粒料。在廣東石金錢龜繁殖期為4月底至8月底，12月至明年3月初為冬眠期。
金錢龜用肺呼吸，營水、陸兩棲生活。多生活在山區和丘陵地帶的峽谷、小溪、河叉、湖泊中，有時也爬到潮濕的山澗、草叢及稻田內活動。晴朗天氣喜在陸地上曬太陽，而天氣炎熱時則大部分藏於暗處，有群居、穴居習性。三線閉殼龜屬變溫動物，其活動直接受外界溫度的影響，適宜的生長溫度為24~32℃，致死高溫為45℃，致死低溫為4℃。
繁殖習性不同
石金錢龜在自然界的交配期為4~10月底，交配時間多在夜晚或清晨。交配前雄龜顯得很興奮，常尾隨雌龜之後，以頭部撞觸雌龜的肩部，雌龜不動時，雄龜爬上雌龜的背，前爪勾住雌龜的背甲前緣，尾部伸出交接器，進行交配。
金錢龜性成熟年齡因性別不同而有差异，野生三線閉殼龜雌龜的性成熟年齡為6~7齡，體重1.25~1.50kg；雄龜的性成熟年齡為4~5齡，體重0.70~1.00kg。在人工養殖環境中，雌龜的性成熟年齡為7齡，雄龜為4~5齡。性成熟的三線閉殼龜雌性個體的泄殖孔內緣僅到達背殼後緣，尾較粗短；雄性個體的泄殖孔內緣超出背殼後緣，尾較細長。