据《秦始皇本纪》一记载秦始皇统一六国后对神仙之术异常迷信。秦始皇二十八年派徐市入海求仙。
三十二年，派卢生寻神仙派韩终、侯公、石生等人求不死药；之后因卢生寻来的“亡秦者胡也”的图截发兵击匈奴。
三十五年，听卢生建议，自称“真人”而不称“联”，“令咸阳之旁二百里内宫观二百七十复道雨道相连帷帐憧鼓美人充之，各案署不移徙。行所幸，有言其处者，罪死”侯生、卢生逃亡始皇大怒遂有坑儒之事。三十七年派人随徐市入海射皎鱼。
专制帝王拥有至高之权力，对长生之渴望自非一般人可比始皇求神仙之事当有之。但细究上述这些求仙的记载，可发现其中颇有夸大处。
始皇自称“真人”与否
按此一记载，秦始皇三十五年，始皇惑于卢生的神仙学说，声称“吾慕真人，自谓‘真人’不称‘联’。”直到二世登基方才再次宣布“皇帝复自称‘联”直到二世登基，方才再次宣布“皇帝复自称朕”则从秦始皇三十五年至三十七年这三年中，皇帝都是自称“真人”，而不是朕。
然而，这段一记载却是十分可疑的。
第一，在这三年中再未看到始皇自称真人的一记载。
第二，按照《秦始皇本纪》记载卢生在进献“真人说”的当年度便潜逃了，此事严重激怒了始皇，导致了惨烈的坑儒事件。难以想象其后两年始皇仍会迷信卢生的言论，继续称“真人”。
第三，也是最重要的在《李斯列传》中有与之完全矛盾的记载。
按《李斯列传》记载，李斯立胡亥为太子后，诈为始皇帝诏书，第一句便是：“联巡天下……”，试想，若始皇自称“真人”，李斯焉能犯此低级错误？
当然，这两段不同传记间的矛盾可以视作作者有意保留的异说。但二者在史实上的矛盾依然是需要取舍的。个人以为，从情理来看，所谓称“真人”不称“联”，恐怕并非史实，而系后人夸大。
坑儒一事之真伪
如上所述，坑儒一事亦发生在始皇三十五年。始皇因卢生、侯生逃亡且诽谤自己而勃然大怒，
坑“诸生”四百六十余人。此事成为秦朝暴政最典型的代表。
然而，这一记载与后文却是矛盾的。按此一记载，始皇在坑儒之前，曾对众方术士大加谴责。其中，徐市被责以“费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻”，成为和侯生、卢生并列的罪人。然而，到了始皇三十七年，却有徐市求仙药不得，“恐谴”的一记载。按此，到此时徐市尚未被谴责，则三十五年始皇之责语当何解？其间显然存在着窜乱的可能。
事实上，学界对此事之真实性早有怀疑。《剑桥中国秦汉史》对其中相关记载的不合理处进行了罗列，指出所谓“令咸阳之旁二百里内宫观二百七十复道甬道相连，帷帐锤鼓美人充之各案署不移徙。行所幸，有言其处者，罪死”的记载太过离奇，卢生等背后议论始皇的具体言辞不可能被秦廷官方一记录流传，并转引日本学者栗原朋信的意见，指出秦始皇生前无人以“始皇”称之，此称呼不当出自卢生之口。栗原朋信的这个观点是有一定道理的。所谓“始皇”、“二世”原本就是秦始皇为了代替旧有溢法而定下的名称，其应用当与溢法相同，当用于死后，而非生前。
李开元《焚书坑儒的真伪虚实—半桩伪造的历史》对这一问题进行了更为细致的考证。作者指出，侯生、卢生本是方士，结果到了秦始皇口中，先变成“文学方术士”，再变为“诸生”，进而在扶苏口中又变成了“诵法孔子”的儒生，显然是在蓄意偷换概念。
“坑杀”不合秦律。坑杀了四百多人，但被秦始皇严厉谴责的几个大方士却无一被处置，尤其是徐市，在始皇三十七年时仍在诈骗始皇，而始皇也似乎完全忘了坑儒一事，未加半分责难就轻易的相信了徐市的话。作者综合《说苑》等其他古籍分析，认为这是一个编造出来的故事，且在流传中不断
变形演绎，最后被窜入了《史记》。
个人以为，《剑桥秦汉史》与李开元先生的文章论证是非常有力的，坑儒这一记载当非史实。
扶苏与蒙恬戍边的问题
蒙恬北击匈奴，据《秦始皇本纪》记载是由于“亡秦者胡”一事：三十二年……燕人卢生使入海还，以鬼神事，因奏录图书，曰“亡秦者胡也”。始皇乃使将军蒙恬发兵三十万人北击胡，略取河南地。
扶苏监军，据《秦始皇本纪》一记载是由于扶苏进谏坑儒所致：三十五年……始皇长子扶苏谏曰“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”始皇怒，使扶苏北监蒙恬于上郡。
按此，始皇驾崩时距扶苏外出监军不过三年，距蒙恬北击匈奴亦不过六年而己。
然而，在其他传记中，却对此事有完全不同的一记载。《史一记·蒙恬列传》即谓：秦已并天下，乃使蒙恬将三十万众北逐戎狄……暴师于外十徐年，居上郡。
清人梁玉绳注曰：恬自始皇三十二年将三十万众击胡，至三十七年死，首尾仅六年，而云十余年，与主父、句奴传同误。
梁氏所言“主父”，即《平津侯主父列传》，其中载主父堰上书亦谓：秦皇帝不听，遂使蒙恬将兵攻胡……暴兵露师十有徐年，死者不可胜数，终不能逾河而北。
“匈奴传”即《匈奴列传》，传中谓：后秦灭六国，而始皇帝使蒙恬将十万之众北击胡……十份年而蒙恬死……
此外，恰如韩兆琦先生《史记笺证》所指出的，《李斯列传》亦有类似记载：更为书赐长子扶苏曰：“……今扶苏与将军蒙恬将师数十万以屯边，十有怜年矣……其赐死，以兵属稗将王离。”
按这四篇列传的一记载，扶苏、蒙恬已屯边十余年，至少当始于始皇二十六年统一天下不久。与《秦始皇本纪》的一记载无疑是矛盾而无法共存的。
依梁玉绳的意见，列传有误，当依本纪，但这一观点似需商榷。虽然一般而言，本纪依据的是官方档案，较列传为准确，但这一记载与多达四篇列传相矛盾，似不能如此轻易下断一言。
回看《秦始皇本纪》的一记载扶苏监军一事系因坑儒，蒙恬北击匈奴是因为“亡秦者胡”的图截。坑儒一事之伪上小节已论，而 “亡秦者胡”一事虽无直接证据，但作为科技昌明年代的现代人，亦难相信此事为真。且以一纸图俄而北击匈奴，始皇未免也太过轻桃了。
所以说，诸列传所载“十余年”的一记录更为可信，蒙恬击匈奴当始于秦灭六国后不久，扶苏或亦在此前后北上监军。